严格划分的话， 艾滋病在临床上分为3期：艾滋病病毒感染、艾滋病相关综合症和艾滋病阶段。在最后一个阶段，突出的表现是致病性感染、恶性肿瘤的发生以及找不到原因的细胞免疫缺陷。
一般说来，从感染艾滋病毒，到艾滋病发作并去世之间，患者通常有10年左右的潜伏期。在潜伏期阶段，患者不会有任何临床上的不适，他们可以没有任何症状地生活或工作。但需要注意的是，他们此时已经具备了传播病毒的条件，他们的血液、精液、YD分泌物、乳汁、脏器中都含有艾滋病病毒，具有传染性——虽然在外观上与正常人没有区别。
人类天生具有免疫功能，因此，当遭受细菌或病毒的侵袭时，只要免疫功能正常，也可以自行痊愈。艾滋病病毒攻击的正是人体免疫系统的中枢细胞：T4淋巴细胞。在貌似平静的潜伏期内，狡猾的艾滋病毒在人体细胞内进行着疯狂的自我复制，直到他们的数量远远超过人类自身免疫系统可以招架的范围，使人体丧失抵抗各种疾病的能力。
进入发病期后，即使普通的细菌感染，都足以使免疫系统非常脆弱的机体接近崩溃。众所周知的是，艾滋病的医学全名是“获得性免疫缺陷综合症”，也就是说，艾滋病病毒攻击的对象是我们的免疫系统，而并非人体本身。事实上，根据尸检结果，有90%左右的艾滋病患者最终都是死于其他疾病，如肺炎等。
随着人体免疫力的降低，人会越来越频繁地感染上各种致病微生物，而且感染的程度也会变得越来越严重，最终会因各种复合感染而导致死亡。不过，由于每个人自身抵抗力不同，潜伏期的长度也会因人而异，目前已知最幸运的一位病毒携带者，携带了20年也没有发病。
