一是免疫功能的异常：
免疫系统是人体最重要、最坚实的抵抗各种内外环境致病因子的屏障武器。如果人体免疫功能出现各种异常，则必然会影响到其抵抗消灭入侵人体的各种致病因子的能力，但大量的临床研究显示，乙肝患者90%以上都不同程度的存在着免疫功能的异常和紊乱。
二是病毒复制繁殖的特殊位置：
研究显示，乙肝病毒将其复制和繁殖病毒的大营设在肝细胞核内，同时不断摄取并利用肝细胞的核酸物质来合成自身的生命遗传物质，这不但对肝细胞本身产生了不同程度的损伤，同时也给药物的治疗带来了巨大困难。
三是抗病毒药物的局限性：
现代抗病毒药物都不能直接到达肝细胞核，这样，抗病毒药物只能守候在肝细胞核外等待已经复制好的病毒出来才能予以清除和歼灭。由于药物无法直接进入细胞核，所以存在于肝细胞核里的病毒很难彻底被清除，这也是为什么目前各种抗病毒治疗都几乎无法转阴的根本原因。
