肛管直肠周围脓肿有两大类：一类与肛腺及肛瘘有关，称为“原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿”简称“瘘管性脓肿”，较多见;一类与肛腺及肛瘘无关，称为“急性非肛腺性非瘘管性脓肿”，简称“非瘘管性脓肿”较少见。
现代医学认为，肛瘘的病因主要是细菌感染，细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体，肛门腺感染、化脓，形成肛周脓肿，自然破溃，或经手术切开排脓后形成肛瘘。
肛瘘不能自愈，手术后容易复发，究其原因可能有以下一些。
（1）内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管;
（2）肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态;
（3）肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合;
（4）脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道;
（5）管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。除此之外，结核、克隆氏病、溃疡性结肠炎等都是形成肛瘘的原因。所以，患者一旦发生肛瘘，应尽早去正规医院就诊，根据不同的肛瘘类型，选择相应的治疗方法。
