宝宝口腔溃疡的原因有很多，比较常见的有以下几类：
手足口病
这种病也有与疱疹性口炎相类似的症状，好发于5岁以下幼儿，具有流行性。患病后口腔损害遍布于唇，颊、舌、腭等处，为很多小水疱，极易破裂，破后形成多个小溃疡，除口腔部位外，在手掌、足底、臀部皮肤上亦可出现分散的小水疱，所以称之为手足口病。
口疮
比较常见，但是病因不一。有的是因为口腔黏膜有不明显的伤口造成的，有的是因为压力过大造成的，还有的是因为食物中缺少维生素B。初期口腔黏膜会有灼烧感，接着会发红，并形成许多小溃疡，相当疼痛。常见部位在舌侧黏膜、口腔底部和舌头部位。
外伤
凡是烫伤、刺伤、误食有腐蚀性的东西等，都会引起口腔黏膜受伤，继而引发溃疡。
药物过敏
特殊体质的宝宝可能会因为药物或感染等不明原因，而引起所谓的“多形性红斑疾病”，这时宝宝身上会出现靶形红斑，眼睛、嘴唇、口腔，生殖泌尿道均有发炎、溃烂的情况。
值得注意的是，宝宝的口腔溃疡有时也可能与其精神因素有关。比如宝宝因为某些事而过度兴奋或忧虑，都会促使口疮性溃疡的发生。还有，使用些含有香料的牙膏或者涂抹一些含刺激性的药物，也会引起宝宝口腔溃疡。
