大量的研究表明，口腔溃疡患者的免疫指标有些是不正常的，但也有一部分人是正常的，因此在给该病“定性”的问题上发生了分歧。
不少学者认为该病属于自身免疫性疾病，其根据有：病情迁延反复，对皮质激素敏感等，有报道约70%-80%的复发性口腔溃疡有抗口腔粘膜盐水组织均浆的自身抗体，而对照组仅10%。
但也有人指出这些抗体对口腔粘膜是非特异性的，而且在复发性口腔溃疡患者中均未查见抗核抗体，而作为自身免疫性疾病主要指标之一的抗核抗体，可见于各种自身免疫性疾病，因此该病不能完全确定为自免疫性疾病。正常人体存在着一个极其复杂而精密的免疫调节系统，包括一些免疫细胞及免疫活性细胞产生的各种因子，它们形成一个复杂的调节网络，控制着机体的免疫功能正常进行。
尽管目前还不能把复发性口腔溃疡明确地划归自身免疫性疾病的“队伍”，但根据患者的免疫状态进行调节仍然十分必要。因为一个平衡而稳定的免疫系统对于抵抗疾病总是有利的。
