非淋菌性尿道炎的潜伏期可有数天至数月，但多数为1至3周。常表现为尿道内的不适，发痒、烧灼感和排尿困难、疼痛、少数有尿频。 尿道口轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性和脓性，多需用手挤压尿道才发现有分泌物溢出。 长时间不排尿或早晨首次排尿前可能见到溢出尿道口的分泌物污染内裤，结成粘糊状，可封住尿道口（俗称为 “ 糊口 ” 现象）。有30%-40%的患者可无任何症状，也有不少病人症状不典型，有约一成左右的患者可同时合并淋球菌感染。
男性非淋菌性尿道炎表现为尿道不适、发痒、烧灼感或刺疼，尿道红肿，尿道分泌物多为浆液状、稀薄、晨起有“糊口”现象。女性非淋菌性尿道炎表现为宫颈的炎症和糜烂、分泌物增多，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞（高倍镜下每视野超过10个），阴道及外阴瘙痒，下腹不适感。注意：有些病人可无症状或症状不典型，易被漏诊。宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞（高倍镜下每视野超过10个）。
尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜脓性。较长时间不排尿（如晨起）尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤。检查时，需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。
常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
