明末三大案是梃击案、红丸案和移宫案，这三起案件也称为晚明三大疑案。梃击案发生在万历年间，张差持棍进宫行刺太子；红丸案和移宫案发生在朱常洛执政时期，李选侍为照顾朱由校进乾清宫，不久后朱常洛因服用红丸而毙命，李选侍也被移到哕鸾宫。
这三起案件并没有查清真相，后世也对此进行多种解读，首先梃击案凶手张差被抓，在审讯过程中张差供出与郑贵妃有关，但万历皇帝十分宠爱郑贵妃，只能凌迟张差来结束梃击案，以保郑贵妃不被牵连，所以这起案件没有真相。
红丸案是从李选侍进入乾清宫后发生的，当时朱常洛为了强身健体服用红丸，没想到不久后便因过多服用红丸而死。李选侍本来想和魏忠贤密谋居住乾清宫，以皇长子来控制明朝政权，但这件事被大臣们极力反对，最终李选侍只能移宫到哕鸾宫，然而四年后，李选侍被封为了康妃，史称移宫案，所以说这三件事是颠倒黑白。
