新生兒體內有較高的紅細胞數目，而且紅細胞的壽命較成人短。造成黃疸的原因是當紅細胞老化破壞時，血紅素經代謝後產生膽紅素，膽紅素由血液運送到肝臟，而新生兒肝臟的功能尚未成熟，因此吸收膽紅素的能力較差，經代謝後，由膽管排出膽紅素於腸胃道間，通常糞便會呈現黃色。但由於新生兒的腸內菌較少，加上腸道的蠕動比較差、吸收能力也不好，因而會增加肝腸循環，還來不及排出的廢物又被身體吸收，所以造成黃疸症狀。
黃疸症狀會隨着時間而改善，由於新生兒體內器官功能的生長會逐漸成熟完整，所以大部分的新生兒黃疸會在出生後兩週內改善。由於膽紅素對身體的組織具有毒性，尤其對中樞神經系統的傷害更大，因此嚴密監控黃疸指數很有必要，一旦遇上病理性黃疸的症狀，則須進行積極治療，嚴重者則需要換血治療。
過去的研究認為，新生兒黃疸嚴重者可能造成寶寶中樞神經的傷害。但時至今日，有些醫學研究指出，膽黃素其實是絕佳的抗氧化劑，能幫助新生兒面對離開母體後大量氧化的情況，並有助於新生兒適應新環境。
