界定是否開始乙肝抗病毒治療的三個條件：生化指標、病毒學指標和組織學改變。多年來各指南關於生化指標和病毒學指標的界定標準不斷修改，EASL2009版慢乙肝治療指南的治療指證為：生化指標＞40IU/ml、病毒學指標＞10000拷貝/ml和肝活檢為≥G2/F2。
組織學證據（≥G2/F2）應該是最重要的，然而在沒有肝活檢資料時常僅靠生化指標（生化指標）判斷肝臟炎症存在侷限性，慢性HBV感染的自然史中病毒學指標水平是變化的，臨牀實踐中需多指標動態觀察，“個體化”綜合評估。
生化指標作為界定治療指標存在侷限性。生化指標是肝細胞損害靈敏的指標，抗病毒治療時，基線生化指標水平對於最終療效具有重要的預測價值，應用廣泛，檢測費用低。但是生化指標並不與肝臟炎症完全一致，生化指標與肝纖維化無關，真正的正常上限尚不確定（傳統的正常範圍是《40IU/L，或修正的範圍是男性《30IU/L，女性《19IU/L）。生化指標正常（《40IU/L）者中20%～30%肝臟存在中度甚至重度壞死性炎症，少數患者有顯著肝纖維化。對免疫耐受期慢性乙肝感染者和非活動複製期感染者隨訪1年顯示：免疫耐受期患者炎症分級G2為44.4%，非活動複製期患者G2佔34.0%。香港對3233例慢乙肝長期隨訪顯示，生化指標（0.5~1.0）xULN和（1.0~2.0）xULN患者出現腹水，自發性腹膜炎，曲張靜脈出血，肝性腦病的危險性高於生化指標《0.5xULN。可見，生化指標水平正常的慢性乙肝患者需要良好的評估，長期監測，解釋各種各樣的血液檢查及影像學檢查來指導治療，必要時爭取肝活檢。
注意患者用降酶藥而出現的生化指標“正常”和其他原因所致生化指標“異常”。HBeAg陽性者生化指標大於正常上限2倍時抗病毒治療效果優於2倍以下者，而HBeAg陰性者生化指標大於正常上限2倍與2倍以下比較抗病毒療效無差異。所以，HBeAg陰性，後期病人有纖維化或肝硬化者抗病毒治療的生化指標界定值可適當放寬。
血清病毒學指標水平在慢性乙型肝炎感染的不同階段有較大差異，早期高後期低，HBeAg血清轉換時病毒學指標水平下降，HBeAg陽性時高陰性時低，無纖維化者高有纖維化或肝硬化者低。因此，後期患者HBeAg陰性者，肝硬化及肝硬化失代償者抗病毒治療的HBVDNA界定值可適當放寬。
在決定是否行抗病毒治療時，要權衡抗病毒治療的利與弊，應考慮與肝病進展相關的其它因素，例如男性、HBV基因型C感染、HCC家族史及持續濫用酒精、合併HIV、HCV或HDV感染等。患者的經濟承受能力，意願，生育要求等也須兼顧。
