牙周手術後的組織癒合基本上可分為兩大類，即軟組織創口的癒合和骨的癒合。
軟組織創口的癒合：
①牙齦切除後傷口表面立即形成保護性血凝塊。數小時後血塊下的結締組織開始生長肉芽組織9～13小時後，傷口周圍的上皮細胞開始移動，從血塊和結締組織之間向傷口中央移行。1～2天時，開始有小血管形成，2～5天時上皮以每天向牙面0.5mm速度生長，直到薄層上皮完全覆蓋創面，但角化則需2～3周。
創面的結締組織再生略慢於上皮，約5～7天時形成新的遊離齦，此後上皮好開始向齦溝內生長，約在術後4～5周，形成新的結合上皮與牙面結合。臨牀上約在牙齦切除後2周，牙齦外觀正常並建立正常的齦溝。齦溝液的量也在5周時恢復正常。
②翻瓣術後的癒合。翻瓣術後24小時內，齦瓣與骨面之間由血凝塊連接，術後1～3天，上皮移行至齦瓣邊緣並達到牙面。術後1周，上皮已可附着於牙根面，瓣下的血凝塊已被來自結締組織、骨髓腔及牙周膜的肉芽組織所替代。術後2周，膠原纖維開始形成，並與牙面平行。術後3～4周，上皮和結締組織的重建均已完成，齦溝內正常上皮襯裏，結合上皮形成，齒槽嵴頂纖維也已呈功能性排列。
③齦下潔治、根面平整、袋內壁刮除後的癒合。手術將病理性肉芽全部颳去，新生的肉芽組織在早期即形成，並且逐漸成熟而變成結締組織。
④切除性新附着術後的組織癒合。與齦下刮治術（根面平整術）相似。
骨組織創傷的癒合：
手術後牙槽骨的癒合過程取決於手術時骨的暴露程度，是否作骨成形，術後骨面是否嚴密覆蓋等因素。全厚瓣手術時骨面暴露，術後1～3日時骨面有表淺的壞死，隨後有破骨細胞性吸收，在術後4～6天達高峯，然後逐漸減輕，導致約0.5～1mm的骨吸收。此後可有修復，在術後3～4周達高峯。在進行骨成形或術後齦瓣未能嚴密覆蓋骨面者，骨的壞死和炎症較重，骨嵴高度降低，修復過程可長達72天。在骨膜瓣較厚時，半厚瓣的癒合過程可能比全厚瓣縮短。
