一是不同孕期用藥適應證常常不同;其次不同孕期用藥時對胎兒的損害也有很大差別。以下僅就妊娠各期的用藥予以簡述。
1.妊娠早期用藥
受精卵着牀於子宮內膜前謂之着牀前期。此期雖然對藥物高度敏感，但如受到藥物損害嚴重，可造成極早期的流產，如若受到部分損害，有時還有補償功能，胚胎可能繼續發育而不發生後遺問題。
故如在此期曾短期服用少量藥物，不必過分憂慮。關鍵在於受孕後的3-12周左右，是胚胎、胎兒各器官處於高度分化、迅速發育階段，藥物影響此過程，可能導致某些系統和器官畸形。可見妊娠12周內是致畸最敏感的時期。故此期用藥應特型慎重。
2.中期和晚期妊娠用藥問題
妊娠的中晚期，藥物對胎兒的致畸可能性減少。但此時的牙、神經系統和女性生殖系統還在繼續分化發育，藥物的不良影響主要表現在上述各系統、各器官發育遲緩和功能異常，此時期用藥也應慎重，根據用藥適應證權衡利弊做出選擇。
3.妊娠期用藥原則
單藥有效的避免聯合用藥，有療效肯定的老藥避免用尚難確定對胎兒有無不良影響的新藥，小劑量有效的避免用大劑量。
早孕期間避免使用C類、D類藥物。若病情急需，要應用肯定對胎兒有危害的藥物，則應先終止妊娠，再用藥。
