很多人常感覺身體不適，但到醫院又檢查不出毛病，這就是一般所謂的「亞健康狀態」。牛樟芝在消除疲勞，提升肝臟功能方面是目前同類產品中效果最明確的，在學界背書及商業行銷的推波助瀾下，牛樟芝已取代靈芝成為國內接受度最高的保健菇類產品。效果明確的牛樟芝的確值得推廣，但目前所有的學術研究都只探討它的功效與優點，牛樟芝的可能副作用，正確的服用方法，及是否適合長期食用等問題都未見有人討論。若無法明確交代這些問題，長期以往，萬一出現一個不可預期的副作用事件，後果很難想像。
舉凡具有強烈藥性的產品，通常也具有相對的副作用，使用上就必須更加的小心。牛樟芝具有很強的抗氧化及抗發炎效果，就是一般中醫所宣稱的「清熱解毒」功效。若以中醫的藥性分類，牛樟芝屬寒涼性藥物，短期服用具有很好的抗發炎效果，對現代人因飲食不當或長期疲勞所造成的慢性肝炎具有很好的保健效果。但若長期服用將造成體內自由基濃度下降過度，導致體質轉寒，免疫力下降。
在實際臨牀使用上，有幾種服用牛樟芝後產生的不良反應值得我們注意。一般最常看到的現象是：服用後產生胃痛、胃脹氣、嚴重者甚至有胃痙攣現象。尤其是早上空腹服用者，徵狀較明顯，這就是牛樟芝的寒涼特性所造成。
一般有此徵狀的人通常是胃部或消化系統有發炎或潰瘍的現象，由於胃部表面細胞太過敏感，絨毛組織受到牛樟芝刺激後產生收縮現象。若是牛樟芝作用在消化道潰瘍的部位，嚴重者甚至會產生出血狀況。牛樟芝本屬寒性物質，早上空腹食用雖然可以增加吸收效率，但會降低胃部温度，使胃部受到很大的刺激，尤其是長期有胃病的人（胃寒者）刺激效應更大，因此切忌空腹服用牛樟芝，以免引發胃疾甚至胃出血。
第二種可能發生的不良反應是大量服用牛樟芝造成的「寒凝」現象，對於大病後體質較弱的人或先天體質虛寒的婦女最為明顯。尤其是在秋冬時，切忌一次大量服用牛樟芝，以免因「寒凝」造成手腳冰冷，甚至導致經期不順、經痛等現象。牛樟芝具有很強的抗自由基能力，一方面能幫助有發炎徵狀的人消除過量的自由基 （尤其是NO），可解除發炎帶來的不適感。但另一方面就會造成血液循環不良，導致末梢微血管血流量不足，這就是中醫所謂的「體寒氣虛」現象。其實中醫講求的是「陰平陽祕」的治病邏輯，從前人營養較差，一般人身體體質普遍偏虛寒（氣不足），所以古代人較講究進補。現代人剛好相反，常常飲食過量且作息不正常，一般人體質普遍偏實（火勝），因此現代人應比較講求泄火（即消炎）。牛樟芝的泄火本質的確是調節現代人火旺的最佳保健品。但所謂的「火」是身體完成生理代謝不可或缺的驅動力。
火太大時，温度太高會造成發炎;火太小時，温度太低會阻礙新陳代謝的進行。自由基太多時會造成身體過氧化;自由基不足時，新陳代謝速率下降。現代人的「火象」是虛實夾雜，有過食甘肥的實火，也有過勞疲憊的虛火。實火來自於新陳代謝加速產生的過量自由基反應，導致體温升高，而服用牛樟芝可消除過多的自由基，因此可以有效降低體温過高的疲憊徵狀。虛火來自於身體器官過度運作所造成的磨擦發熱現象。有虛火的人初期服用牛樟芝會想睡覺，這是身體想借着休息來降低器官虛火的自然修復反應，經過一個星期到十天之後，疲憊感會慢慢消失，身體就會恢復正常。還有一種長期疲憊，虛火非常旺的人，服食牛樟芝後會感覺愈來愈疲倦，即使休息一段時間後也未見改善。有這樣情況的人就是所謂「陰虛火旺」，根據中醫的治療原則需先「補其母」，此時就不能再服用牛樟芝泄肝火，而是必須先由「補腎氣」着手。
第三種可能發生的不良反應是長期服用牛樟芝造成「免疫力下降」的現象。一般人以為菇、蕈類富含多糖體，具有提升免疫力的效果，因此推論牛樟芝應該具有提升免疫力的功效。實驗研究也發現：由牛樟芝萃取出來的多糖體的確具有提升非特異型免疫的功效，然而民間的應用經驗上，有些人長期服用牛樟芝變得比較怕冷，也容易感冒;有些接受化學治療或放射線治療的腫瘤患者，剛開始服用牛樟芝會降低副作用，但長期服用高劑量反而會增加血液感染的機率這些都是免疫力下降的現象，為何長期服用反而導致免疫力下降呢？利用菌絲體醱酵而得的牛樟芝產品，其多糖體成分含量高，但次級代謝物含量則較低，因此免疫提升的效果較強，但保肝、抗腫瘤的功能較差。
相反的，子實體的多糖體含量低，而三萜類含量高，所以抗發炎的效果較強，但相對的降低免疫力的效果也比較明顯。剛經歷化學治療或放射線治療的腫瘤患者可藉由子實體的攝取，大大地降低因化療或放療所引起自由基過多的傷害，但歷經被抗癌藥物或放射線的摧殘的病人，他 們的免疫力已非常低下，若再過度使用牛樟芝子實體產品，反而會損傷更多的免疫細胞，造成更大的傷害。所以適度的控制牛樟芝的使用量才能使病人獲得最大的保障。
