除了農藥，硝酸鹽也是蔬菜中讓人擔憂的物質。它進入人體後，會被還原成亞硝酸鹽，而亞硝酸鹽會阻礙紅血球攜氧功能，攝入過多讓人感到疲勞。另外，亞硝酸鹽還會與蛋白質分解產物在酸性條件下發生反應，易產生亞硝胺類致癌物。
一般來説，葉菜類是最易殘留硝酸鹽的農作物，且葉菜類(如小白菜、芥藍菜、莧菜等)的硝酸鹽含量明顯高於根莖及瓜果類。
為了減少硝酸鹽，可將葉菜類在温水中浸泡10分鐘(一斤菜約用6～10公升水，水温維持在43℃～50℃)，然後用流水沖洗。研究證實，50℃的温水不會破壞菜中的維生素C及其他維生素。台北市衞生局曾做過實驗，發現將葉菜在温水中浸泡10分鐘，硝酸鹽可去除50%以上，若只用冷水清洗，只能降低10%～15%。
