一、肛瘻切除術
適用低位單純性肛瘻，與切開不同之處在於將瘻管及周圍組織分開並切除，直至顯露健康組織創面內小外大，一般不縫合，術後坐浴、換藥、直至癒合。高位或複雜性肛瘻在手術中要注意保護肛管直腸環，免術後大便失禁。
二、掛線療法
適用高位單純性肛瘻，即內口在肛管直腸環平面上方，手術切斷可引起肛門失禁。採用瘻管掛線，使要扎斷的括約肌與四周組織先產生粘連，因結紮後區域性缺血、壞死，經10～14天后自行斷裂，此時不發生收縮失禁，瘻管敝開成創面，達到逐漸癒合。方法：將探針從外口經瘻管在內口穿出，探針引導一無菌粗絲線或橡皮筋，將此線從內口經瘻管而在外口引出，然後紮緊絲線。
掛線時須注意：①找到內口的確切位置，不可造成假道，免手術失敗;②收緊絲線或橡皮筋前，要切開面板及括約肌皮下部，以減輕術後疼痛，縮短脫線日期;③結紮要適當收緊，過鬆不易勒斷瘻管。術後熱水坐浴，經3～5天再拉緊一次，一般在2周可完全斷裂。
三、瘻管切開術
適用低位單純性肛瘻，內外括約肌之間的外瘻。切開瘻管僅損傷部分內括約肌，外括約肌皮下部及淺部，不會引起術後肛門失禁。一般在鞍麻下，用探針由外口插入，通透瘻管的內口穿出，沿探針方向切開瘻管，將腐爛肉芽組織搔爬乾淨，為保證瘻管從底部向外生長，可將切口兩側面板剪去少許，呈底小口大的“V”形傷口，同時注意有無分支管道，也應一一切開。
四、急性感染髮作期，應用抗菌藥物，區域性理療，熱水坐浴，膿腫形成應切開引流。
