現代醫學理論認為，胃酸和幽門螺桿菌感染是消化性潰瘍病的兩大致病因素。由於幽門螺桿菌可深藏於腺體細胞內，單用奧美拉唑或抗菌藥物治療效果都不理想，且幽門螺桿菌的根除率不高，奧美拉唑與克拉黴素、阿莫西林、甲硝唑、替硝唑、呋喃唑酮等抗菌藥聯合應用，治療幽門螺桿菌感染性潰瘍能起到協同作用，增加療效。
奧美拉唑造成胃內鹼性環境，使四環素不易吸收，氨苄西林和酮康唑吸收也減少，血藥濃度下降。奧美拉唑對洛美沙星和環丙沙星的藥效無顯著性影響。
奧美拉唑抑制強的鬆轉化為活性形式，降低藥效。
鐵劑的吸收依賴於胃酸的存在，奧美拉唑抑酸作用影響鐵劑的吸收，故奧美拉唑與鐵劑不宜合用。必要時，可適當增加鐵劑的劑量。
奧美拉唑抑制胃酸分泌，不利致癌性亞硝酸鹽轉化為無毒物質。聯用維生素C或維生素E，可能限制亞硝酸化合物形成。另外，長期服用奧美拉唑可引起維生素B12的缺乏，很可能是引起神經系統病變的原因之一。且這種影響與奧美拉唑劑量有關，劑量越大，影響越大。
戒酒硫與奧美拉唑聯用時可出現神志錯亂、定向障礙、肌僵直和牙關緊閉等不良反應。
國外研究表明，奧美拉唑可減慢抗癌藥甲氨蝶呤的排洩。連續靜脈滴注垂體後葉素時，口服奧美拉唑20毫克，每天二次，治療食管和胃底靜脈曲張破裂出血，總有效率88%，優於單獨用藥。
