人們相信大豆異黃酮可以抑制骨骼吸收，刺激骨骼形成。體內體外研究提示，大豆異黃酮可以有助於維持骨骼礦物質密度。
研究中包括24000名沒有骨折或激素治療史的絕經期女性，以問卷調查的形式瞭解她們的飲食情況，隨訪此後四年半里骨折的發生率。結果發現，這些患者中發生骨折的為1770次，進食較多大豆蛋白者骨折發生率明顯降低，即便是調整熱量攝入、經濟狀況、其他營養、骨質疏鬆危險因素，結果也沒有改變。
結果最明顯的是絕經期10年以內的女性。吃大豆可能部分有助於減少絕經相關的骨鈣丟失，但是對於已經有骨鈣丟失的女性，逆轉作用就不那麼明顯了。
