大部分生理性卵巢囊腫一般沒有什麼危害性，但如果卵巢囊腫的體積越來越大，並且長時間存在，可能會引起腹部不適、排尿不適、囊腫蒂扭轉、囊腫破裂的情況。
1、腹部不適：患者可能會覺得腹部有下墜感、脹滿感以及隱隱作痛的感覺。
2、排尿不適：如果卵巢囊腫體積過大，會對膀胱形成較爲明顯的壓迫，患者可能會因此出現尿頻、尿急、尿血、尿瀦留等症狀。
3、囊腫蒂扭轉：如果較大的卵巢囊腫一直沒有得到規範治療，等到了妊娠期、產褥期或者體位發生明顯變化時，很可能會有囊腫蒂扭轉的情況。此時患者會出現突發性腹痛，同時還可能伴有噁心、休克等症狀，嚴重時卵巢會壞死。
4、囊腫破裂：卵巢囊腫的體積越大，發生破裂的危險性就越高。破裂包括兩種情況，一種是外傷性破裂，多見於性交、腹部受到重擊時。另一種是自發性破裂，多見於囊腫發生惡變時。
如果確診爲卵巢囊腫，建議及早進行規範治療，以減少疾病不良影響。
