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陰莖短小與遺傳、肥胖等有一定關係，還有一些人是後天外傷等原因造成的。先天性陰莖短小一般都可以藉助手術來改善。對嚴重的出現排尿困難的患兒，應儘早施行尿道整形術以解決排尿。
男性陰莖短小，分爲先天性與後天性的，那麼我們臨牀上如何自我檢查呢?
1.睾丸、陰囊及前列腺發育不全。
2.陰莖勃起無力或不能勃起，絕大部分不能性交。
3.第二性徵不發育，如無鬍鬚、腋毛及陰毛稀少，無喉結，部分病人有乳房增生。
4.新生兒小陰莖多在lcm以下，甚至有不足0.5cm者，青春期或成年期均短於5cm，橫徑亦小。陰莖外觀大致正常，尿道正常並開口於陰莖頭部。
5.嚴重的小陰莖可出現排尿困難。
對小陰莖者需行系統的內分泌檢查包括絨毛膜促性腺激素刺激試驗，以檢測有無腦垂體或睾丸功能不良，放射免疫法測定性激素顯示血漿睾酮(T)及雌二醇(E2)濃度均低，E2及T均高。
睾丸活組織病理檢查表現爲生精小管上皮發育不良，基底部玻璃樣變或纖維化，無成熟的精細胞。檢查染色體核型以除外性別異常。特發性小陰莖內分泌檢查正常。
陰莖短小吃什麼藥？
對嚴重的出現排尿困難的患兒，應儘早施行尿道整形術以解決排尿。內分泌治療是小陰莖的主要療法，因爲小陰莖的主要病因是雄性激素缺乏。所以合理地使用雄性激素可以得到較好的效果，而且年齡愈小治療效果愈好。
藥物劑量應根據其年齡對藥物的敏感程度而不同。一般丙酸睾丸酮1～2mg/kg，每週1～2次，3個月爲一療程。治療過程中可測定血漿和尿中睾丸酮含量以調整藥量。用藥期間陰莖可有明顯增長，但停藥後仍可縮小，然而長期大量使用雄激素可使患兒性早熟和骨骺早期癒合。
因此，合理而適時的使用藥物及按時隨訪觀察是非常重要的。部分病人用絨毛膜促性腺激素也有療效。手術治療適用於已確定男性的患兒，採用陰莖延長整形術，其目的是使陰莖獲得最大的長度。如果陰莖發育極度不良則可早期改變性別爲女性。若本人及家屬要求定爲男性者亦可行陰莖再造術，但手術效果常不滿意。
