他與第一任妻子咪咪·羅傑絲的婚姻觸礁，在遇到這個年輕、名不見經傳的澳大利亞女孩的那一瞬間，他決定自己的婚姻應當畫上句點了。“我已經與妮可在一起了。”他在請律師遞出離婚協議書之前，這樣告訴羅傑絲。後來，羅傑絲也向她的朋友們透露，在那之前，她早就厭倦了克魯斯.克魯斯和基德曼的第一次約會一點也沒有好萊塢明星範兒——他只是帶她去看了場電影。基德曼日後回憶說，兩人剛開始約會的那段時間，一切只關乎性愛。這與羅傑絲的說法截然相反，似乎，克魯斯徹底拋棄了自己關於“禁慾”的那番決心。“我第一次見到湯姆時就覺得，他是我這輩子見過最性感的男人。”基德曼曾說，“我當時的反應是，‘哇，這下可危險了！’在此之前，我經歷過幾段因慾望開始的戀情，但後來都沒什麼好結果。後來我又想，如果慾望能轉化爲更深的感情，那實在是很幸運的事。而這正是我倆後來的發展方式。這段戀情好比天雷勾地火。克魯斯於1990年聖誕夜在科羅拉多迎娶了基德曼，後者的妹妹安東尼婭作爲伴娘出席。身高一米七九的妮可透過婚紗低頭望着比她矮半個頭的新郎，兩人就這樣交換了對彼此的結婚誓言。“湯姆、妮可，還有他們的家人，每個人眼中都噙滿淚水。”一位在場的賓客後來回憶道。
沒過多久，這對小夫妻宣佈，他們很想要孩子，但基德曼沒能受孕。他們反覆對媒體否認克魯斯“不育”的傳聞，爲此還將幾家報紙、雜誌告上法庭。克魯斯的前妻羅傑絲卻在此時火上澆油，她宣稱兩人之所以走到離婚這一步，沒有孩子是重要原因。迎娶基德曼之前，克魯斯曾堅持要求她去做生育能力檢查。有媒體分析說，此舉是在向媒體表態，告訴大家，他跟羅傑絲沒生小孩責任並不在他。不管真相如何，克魯斯和基德曼在生子無望的情況下，決定收養孩子。1993年，伊莎貝拉加入了這個家庭。克魯斯是通過山達基教會找到伊拉貝拉的，他得知教會內有一位信徒懷孕了，並希望放棄對這個孩子的撫養權。據說，伊莎貝拉的生母在克魯斯和教會高層的說服下，在懷孕期間嚴格遵守山達基教訓，其中包括在生產期間嚴格遵守“安靜生產”的規定。
基德曼在婚後不久也加入了山達基教。後來，熟悉兩人的友人認爲，基德曼與克魯斯對信仰持不同的態度，這也是導致兩人最終分手的重要原因。“湯姆對山達基教的信仰比妮可深得多。”妮可的“閨密”納奧米·沃茨說，“他是個狂熱分子，但妮可並不想變成那樣。”後來，基德曼表示，她只是山達基教的“邊緣分子”：“山達基教、天主教、猶太教和東方哲學，我都有那麼點信仰。我從各種信仰中各取一點。我是個混合體。”“要是湯姆堅持要我成爲一名虔誠的山達基教信徒，我是絕不會嫁給他的。那樣一來，就變成了他強迫我做我不願意做的事。我們都允許對方做真實的自己。”基德曼說。
