地球上出現了一個極其神祕的恐怖組織，它的名字叫“眼鏡蛇”，而讓“眼鏡蛇”聞名全球的原因，則是源自其對埃菲爾鐵塔的一次恐怖行動，在“眼鏡蛇”的恐怖轟炸之下，這座法國的標誌性建築物從低到上開始被蟲啃食，一會後被杜克阻止，可還是面臨着倒塌的命運。很顯然，“眼鏡蛇”的這次行動只是一個開始，它向全世界宣告“眼鏡蛇”的成立，而他們的目的則隱藏得更深，許多國家開始感到不安，因爲他們不知道什麼時候“眼鏡蛇”的恐怖行徑就會落到自己的國家當中，世界陷入了恐慌狀態。眼鏡蛇這羣恐怖分子又一次又有了新的目標，在控制住了所有國家的元首之後，他們終於開始要向美國總統動手了——他們的目標就是控制全世界。而特種部隊這邊則因爲出現了叛徒而忙亂不已。因爲上一次的交手，誰也沒有贏，所以特種部隊和眼鏡蛇兩方面都在尋找下一次襲擊對方的機會。只是，這次的戰鬥對於特種部隊來說更是難上加難。因爲他們不僅僅要對付眼鏡蛇這一夥人，還有自己的叛徒。除此之外，全世界被控制住的政要都開始反對特種部隊了。
北約對此也感到極其棘手，就在這個時候，總部設在布魯塞爾的一支祕密行動小組就開始發揮了他的威力。這支名爲G.I. JOE的特種部隊由霍克將軍擔任領頭羊，手下高手雲集，副指揮官是公爵（查寧·塔圖姆飾），參加過越南的他曾經與霍克一起多次出生入死；紅髮女是一個武術高手，她的身手可不比男人差；除此之外還有專職執行高空任務的開傘索、會七國語言的通訊員“斷路器”、軍火專家“重載”、沉默寡言的“蛇眼”等12名成員。他們開始了追查行動，很快查明瞭“眼鏡蛇”的的陰謀，而他們首先要解決掉的是給“眼鏡蛇”提供軍火支持的戰爭狂人的迪斯特羅。
而“眼鏡蛇”組織裏也有着不少心狠手辣的鐵腕人物，例如外表性感漂亮，心腸卻狠毒如蛇蠍的“男爵夫人”就是當中的代表人物。除此之外，還有與蛇眼是兄弟的白幽靈（李秉憲 飾）。“攔路虎”（道恩·強森飾）和創始人喬·科爾頓（布魯斯·威利斯飾）分別帶領受到突襲的特種部隊殘陣與“眼鏡蛇”展開殊死較量。G.J. JOE爲阻止“眼鏡蛇”的陰謀而與其展開大戰，隨着兩方戰鬥的白熱化，原本一直深藏不露的一位“眼鏡蛇”重要成員也逐漸顯露出真身，他的真實身份會令G.J. JOE的成員大吃一驚。
