1.器械準備取出消毒好的窺鏡和各種器械，用無菌鹽水洗淨窺鏡上的消毒溶液。檢查窺鏡目鏡和物鏡是否清晰，調節鏡燈高度，在鏡鞘外面塗以滅菌甘油以利滑潤。液體石蠟在鹽水中會形成油珠，使視野不清，影響檢查，不可使用。預先將輸尿管導管插入輸尿管插管窺鏡備用。
2.插入膀胱鏡男性病人在插膀胱鏡前，探查尿道是否正常或有無狹窄，然後換用窺鏡慢慢沿尿道前壁推至尿道膜部，遇有阻力時，可稍待片刻，等尿道括約肌鬆弛即能順利進入膀胱。插入時切忌使用暴力，以免損傷尿道，形成假道。女性病人容易插入，但應注意窺鏡不得插入過深，以免損傷膀胱。如所有為凹型鏡鞘，需將膀胱鏡旋轉180°。
3.檢查膀胱、輸尿管插管窺鏡插入膀胱後，將鏡芯抽出，測定殘餘尿量。如尿液混濁（嚴重血尿、膿尿或乳糜尿），應反覆沖洗至回液清晰後，換入檢查窺鏡。將生理鹽水灌入膀胱，使其逐漸充盈，以不引起病人有膀胱脹感為度（一般約為300ml）。將窺鏡緩慢向外抽出，看到膀胱頸緣為止。在膀胱頸緣的兩下角處將窺鏡推入2～3cm，即可看到輸尿管間嵴。在時鐘5點到7點的方位、輸尿管間嵴的兩端，可找到兩側輸尿管口。如細心觀察，可見管口有蠕動排尿、排血或排乳糜現象。最後，應系統、全面、由深至淺地檢查全部膀胱，以免遺漏。
如需作輸尿管插管，應調換輸尿管插管窺鏡，將4～6號輸尿管導管插入輸尿管口，直至腎盂，一般深達25～27cm。輸尿管後端應做記號，以辨別左右。如輸尿管口有炎症充血不能辨清時，可靜脈注入靛胭脂溶液，利用輸尿管口排藍引導插管。
膀胱鏡檢查以及輸尿管導管插完以後，將輸尿管導管再插入膀胱一段，然後退出膀胱鏡，用膠布將輸尿管導管固定於外陰，以免脱出。膀胱內操作動作必須輕柔，檢查時間不應超過30分鐘。
4.尿液檢查收集輸尿管導管導出的尿作常規檢查，必要時還可作細菌檢查和培養。當由導管持續滴尿較快，如用注射器自導管吸尿，一次可吸出10～20ml以上時，應懷疑有腎盂積水。
5.腎功能檢查如在膀胱鏡檢查中未作靛胭脂試驗而又需作分側腎功能檢查時，應按規定劑量靜脈注射酚紅或靛胭脂，分別觀察兩側腎盂導出的尿內出現顏色時間和濃縮時間。
6.逆行腎盂造影將輸尿管導管連接注射器，注入造影劑進行腎盂造影，常用造影劑為12.5%碘化鈉溶液，每側注入5～10ml，注入應緩慢而不可用力，病人有腰痛時應立即停止並維持壓力。
