目前治療口腔潰瘍的藥物很多，令人眼花繚亂。（大慨辦法不多的病都是這樣的），具體可分爲如下幾類：
1），抗生素：如甲硝唑，慶大黴素等（但口腔潰瘍不是有細菌和病毒引起的，它是一種非感染性炎症）。
2）激素：如地塞米松貼片（意可貼），氯乙定地塞米松膜等（有緩解疼痛的效果，但可影響癒合，和產生激素類的副作用，不宜長期使用）。
3）維生素：如B6，B12，Vc等（有效果，但作用緩慢，長期服用可減少復發）。
4）局部激光和腐蝕劑：有效果但需專業醫院進行，不能減少復發。
5）中成藥：因人而異，效果難評價。
6）氨來呫諾類製劑：如氨來呫諾口腔貼片（非激素的特異消炎藥，對口腔潰瘍的癒合和止痛有明顯效果，早期使用可預防復發。目前國外治療口腔潰瘍的一線藥物。但仍不能防止復發）
總之，口腔潰瘍的治療仍然還不令人滿意，可根據個人的情況選擇和使用藥物治療，同時注意避免誘發因素，注意休息，纔能有效地預防和治療口腔潰瘍。
