肛瘻不能自愈，必須手術治療。肛瘻的治療原則是將瘻管全部切開，必要時將瘻管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸癒合。肛瘻的治療是根據瘻管深淺、曲直，可選用掛線療法、肛瘻切開或切除術。少數可行肛瘻切除後一期縫合或遊離植皮。肛瘻給人的印象就是反覆的發作，治療起來有難度。那麼肛瘻反覆發作是爲什麼呢？肛瘻手術後，又重新犯病的原因有以下幾個方面：
①肛瘻手術內口處理不當：絕大多數是因爲內口沒有找準確，或沒有把感染的原發竈即內口徹底清除。
②肛瘻手術肛門腺處理不當：據近年來的研究表明，肛門腺感染是肛瘻的重要病因，因此，要切除乾淨內口，以及內口附近有炎症的肛門腺及肛門腺導管。
③肛瘻手術瘻支管及其瘻空腔清除不徹底：即在手術中沒有刮乾淨壞死組織或清除支管，即可導致復發。
④內口複雜：即瘻內口二個或二個以上時，尋找內口不完全，導致肛瘻復發。
⑤新生成的肛瘻：多爲患者因肛門腺感染，又發生了肛周膿腫，導致新的肛瘻，而被誤認爲是復發，在臨牀中不難鑑別。
在治療肛瘻的過程中發現肛瘻複發率高的原因就在於人們沒有認真的進行肛瘻的護理，導致肛瘻的反覆發作，給身體帶來了很大的傷害。
肛瘻術後傷口敷料更換的好壞，是手術成功與否的一個關鍵問題。即使手術成功，若忽視了傷口的敷料更換，手術也常易失敗。因此，經治醫生必須親自更換敷料，或至少要定期檢查傷口。
敷料更換注意事項：①坐浴及沖洗：術後每天應行坐浴，尤其是便後坐浴不能忽視。要保證傷口清潔，加速癒合。對大的傷口應進行傷口沖洗，先用過氧化氫溶液，然後用溫生理鹽水或抗生素溶液進行傷口沖洗。沖洗時應保持一定壓力，以便使清洗液達到傷口的每一個角落。
②敷料：傷口內敷料可防止傷口表面粘連（皮膚架橋），因此創面應底小口大，能自下而上地癒合。若取出敷料時，發現傷口內有膿液，提示有殘餘膿腔，應即時擴大引流，否則傷口不會癒合。
③直腸指診：可發現傷口內有無死腔及膿液存留，此外也可發現有無肛門狹窄傾向，如有則應定期擴肛治療。
