死神流克將死亡筆記遺失後，被13歲中學生鏡太郎撿到，將其當作日記本使用。在無意間將5個欺負過他的同學殺死，而相信筆記是真的。驚恐的鏡太郎利用流克給予的死亡橡皮擦擦去筆記上的名字，使得5人復活。調查此事的2名警察在得知5人復活後，趕到學校調查詢問，但卻同復活的5人一起被人殺死。鏡太郎詢問流克，發現流克的另一本筆記丟失，而聯想到同樣被那5人欺負和被警察詢問過的三浦。最後，鏡太郎找到三浦，使用橡皮擦擦掉已死7人的名字，然後把第二本筆記交給復活的2名警察。在警察面前，鏡太郎讓三浦殺死自己作爲實驗，然後用橡皮擦擦掉名字復活，令警察相信。而後，四人將筆記燒燬，並且一直保守祕密。7年後，鏡太郎長大成人，始終保存着第一本筆記，並將死亡筆記的故事作爲小說發表。死神流克因厭倦了死神界的生活，故意將一本死亡筆記丟棄在人間。同樣厭倦人間生活的高中生夜神月在拾到死亡筆記後，因試驗對象死去以及遇上尋找筆記的流克而相信死亡筆記是真的，決心以筆記的力量剷除罪犯，建立一個沒有犯罪的世界，併成爲新世界的神。
而後以“奇拿”的身份制裁罪犯，造成大量罪犯不分國籍死於心臟麻痹，成了ICPO會上議題。神祕名偵探L斷言這是大量殺人事件，宣佈已開始着手調查，要求ICPO協助，並在日本與警察成立調查總部。在L調查下，確定奇拿就住在關東並向其發出挑戰。受到L的挑戰，夜神月認爲L將會成爲他創造新世界路上的絆腳石，而接受其挑戰並與之展開對決。2007年中國“掃黃打非”工作小組辦公室於4月9日、4月25日和5月29日分別發出“關於查繳《死亡筆記》等恐怖類非法出版物的通知”、
“關於落實劉雲山同志重要批示精神進一步加大查繳《死亡筆記》等恐怖類印刷品力度的通知”和“關於迅即開展查繳《死亡筆記》等恐怖類印刷品專項行動的通知”。通知指出：《死亡筆記》中包含了神祕主義、死亡、報復等諸多感情因素，這些黑色感情將對孩子幼小心靈產生非常大的負面影響，嚴重影響孩子的人格發育。2013年2月20日，俄羅斯烏拉爾地方中心城市的一位15歲少女跳樓自殺，在房間內發現了“沒法活下去了”的遺書和《死亡筆記》漫畫單行本4本。導致烏拉爾地方的父母團體於4月24日向總統普京上書，要求在俄境內禁止出版《死亡筆記》原作漫畫，以及相關動畫和電影，原因是《死亡筆記》會讓兒童對死亡產生不必要的關心，對身心健康的成長有十分惡劣影響。
