腎結石患者應根據自己的結石成分遵循醫囑進行藥物治療，若不對症治療可造成患者體內結石成分在尿液中沉澱增加，如果對症下藥，則可以達到降低危險因子，化解尿液中結石成分的沉澱。
1.維生素B6、氧化鎂：維生素B6可促使檸檬酸在尿液中與鈣結合，減少草酸鈣結晶的機會，可用來預防草酸鈣結石。氧化鎂本來是消化藥、軟便劑，也可用來預防草酸鈣結石。但是鎂本身也是發炎結石的成分，因此患者若有發炎的尿液則不宜使用。
2.檸檬酸鉀：檸檬酸鉀是目前最常用預防結石的藥物，尿中的酸鹼值和檸檬酸值與尿路結石的形成有非常密切的關係。例如在酸性尿液中，尿酸的溶解度極低，容易造成尿酸結石，而在鹼性尿液中，則磷酸鈣或磷酸表鎂結石極易形成。由於檸檬酸鉀可提供大量的檸檬酸和提升尿中的pH值，所以對於尿酸結石，低檸檬酸鈣結石症和腎小管中毒症引起的鈣結石症有治療效果。
3.降尿酸藥：不但可治療尿路結石也可預防高尿酸鈣結石，對於有純尿酸結石或高尿酸鈣結石患者，每天服用200毫克~300毫克。
