常見的甲狀腺疾病，如甲狀腺功能亢進、甲狀腺功能減退（低下）、橋本氏病（慢性淋巴性甲狀腺炎，多有甲狀腺功能減退）等屬於自身免疫性疾病，不僅有甲狀腺功能的異常，且有免疫功能的異常，血清中含有高濃度的抗甲狀腺球蛋白抗菌素體和抗微粒體抗體。這些抗體可通過胎盤，進入胎兒體內，導致新生兒甲狀腺功能減退、低下。母親產後由於免疫功能的變化，可使甲亢和甲減的病情加重。母乳具有濃縮碘的能力，通過乳汁，如甲減、慢性甲狀腺腺炎，會影響乳汁向嬰兒提供碘，導致嬰兒碘的不足，發生甲狀腺功能減退，而波及腦組織和骨骼的發育。因此這種情況，不宜母乳餵養。
甲狀腺功能減退（低下）是可以遺傳的。但有的甲減如果是由於合成甲狀腺激素某個環節上障礙所引起，有的也有遺傳。一般新生兒出生後20~60分鐘TSH會有一個生理高峯，1~4天逐漸下降，所以最好在出生30分鐘內或4~7天化驗。患有甲減的孩子治療越早越好。
甲狀腺功能減退是由於甲狀腺素不足或缺乏引起的全身性疾病，甲減的病因尚不清楚，目前有自體免疫學說、腦循環障礙說、發育缺陷說等三種學說。
1、自體免疫學說：在克汀病人的血液中被證明有高效價甲狀腺抗體;甲狀腺功能減退起免疫作用的主要是淋巴細胞，提示b淋巴細胞和t淋巴細胞系統其抗原抗體產生異常。
2、發育缺陷說：有研究發現，甲減患者腦的蛋白合成和脂肪合成都有異常，並有細胞發育不良和髓鞘形成的缺陷。
3、腦循環障礙說：據研究，在甲狀腺素不足或缺乏時代謝發生障礙，使腦血流量減少，血管阻力增大，因而氧耗量和葡萄糖耗量都減少，導致腦缺氧和糖代謝障礙，腦水腫可能與精神活動減退有關;心臟和其他器官也出現低氧血癥。
