尿道癌的病因不詳，推測原因有以下幾種：
①長期慢性炎症刺激如慢性尿道炎;
②與產傷，性生活損傷因素有關;
③尿道化學藥物灌注繼發或伴發尿道癌;
④與人類乳頭病毒(human papilloma virus，HPV)有關，有研究表明59%的尿道腫瘤HPV陽性;
⑤與尿道增生性病變惡變有關，如尿道肉阜、乳頭狀瘤。有報道在一組女性膀胱癌行全膀胱切除術後，6%～13%發生尿道癌，多侵犯近端尿道。
其他病因：
A.尿道上皮細胞多中心同源起源性：整個泌尿系統均覆蓋着移行上皮，具同源性，尿道腫瘤多器官發病率爲46.2%，發病的次序是順尿流方向;
B.泌尿系腫瘤的淋巴轉移，直腸癌、陰道癌等轉移到尿道;
C.手術中的擠壓，經尿道操作或排尿種植。隨着經尿道腔鏡治療膀胱癌的增多，應考慮脫落的腫瘤組織細胞種植到尿道的可能性。
