間腦癲癇發作可累及人體各個系統，故其臨牀症狀較爲複雜。
1.消化系統：常爲本病的首發症狀，以唾液分泌過多、陣發性腹痛、腹瀉爲主要表現，並伴有噁心、嘔吐、食慾不振、噯氣、胃腸道不適，一般持續數秒至數分鐘不等；嚴重者腹痛劇烈難忍，並伴有腸鳴音亢進。
2.心血管系統：爲常見症狀之一，以面色蒼白或潮紅、心律失常、心悸、發作性血壓升高爲主要表現，可伴有心跳加快。
3.呼吸系統：發作期間，患者會出現呼吸侷促、咳嗽、噴嚏、支氣管分泌物增多等症狀；嚴重者因喉部分泌物過多，可出現呼吸暫停、面色紫紺。若處理不及時，可引起持續性呼吸困難而引起死亡。
4.其他症狀：發作期間，多數患者的肢體會出現異常感覺，以疼痛、麻木及瘙癢感爲主。一般以下肢疼痛最常見，但也可累及其他肢體；頭痛、眩暈、眼花、耳鳴、流淚、瞳孔散大或縮小、陣發性煩躁不安、流涎、多汗、體溫升高、胸痛等，也爲此發作類型的常見症狀，但無意識障礙及抽搐；發作結束後，多數患者會出現疲乏、睏倦、深睡或嗜睡表現。
