口腔扁平苔癬是一種皮膚-粘膜聯發疾病。因爲發生在皮膚上的損害爲有臘光樣光澤的丘疹，叢集爲三角形或多邊形，乍一看，很像地上長出的“苔癬”，所以叫“扁平苔癬”;口腔粘膜的表現並不像皮膚那樣如“苔癬”，但因爲是同屬一病，故稱爲口腔扁平苔癬。
根據臨牀表現，粘膜典型病損特徵，可以明確診斷。難以確診時，可進行活檢，一般化驗及免疫學檢查對本病無特異價值。鑑別診斷如下
1.白斑 頰咬合線及舌背處扁平苔癬，有時肉眼檢查與白斑難以區別。舌背扁平苔癬病損局部爲灰白而透藍色，舌乳頭萎縮，微凹、質地較軟，彈性張力基本正常，平滑有潤澤，有時病損如雲霧狀。在舌背病損中間，部分舌乳頭色灰白呈小斑塊狀微突起。而白斑多爲白色或白堊狀斑塊，有裂隙，周緣界限清楚，觸之稍硬粗糙，無自覺不適，病程進展緩慢，變化小。病理上白斑上皮爲過度角化，可有異常增生。男性較多見，應注意白斑與扁平苔癬也可同時存在。
2.盤狀紅斑狼瘡 盤狀紅斑狼瘡病損常向皮膚側擴展，致使脣紅粘膜皮膚界限不清。而扁平苔癬病損只在粘膜內擴展，不擴展至皮膚。紅斑狼瘡在組織病理上與扁平苔癬不同，其有膠原纖維透明變性、均質化、水腫、斷裂，血管擴張，血管內可見玻璃樣血栓，棘層萎縮變薄，粘膜表面有時可見角質栓塞等。免疫熒光有助於鑑別診斷。
3.剝脫性齦炎 本病具有非特異性，常是某些疾病的一種表徵。如天皰瘡，類天皰瘡、銀屑病、良性淋巴組織增生等，都可在牙齦出現相類似的損害。剝脫性齦炎與發生於牙齦的扁平苔癬有時難以區分。本病牙齦表現爲充血發紅水腫光亮，上皮可有剝脫，形成糜爛出血，因而有敏感症狀。而齦扁平苔癬一般缺少敏感症狀，表面光滑，可見細微網紋，並常可在口內其他部位查到扁平苔癬損害。
