上清丸的種類有四種，上清丸、黃連上清丸、牛黃上清丸、芎菊上清丸，但是他們的作用是非常接近的。雖然功效用法大致相同，其實它們各有所長，用法用量也不相同。
“大同”：治療上呼吸道感染
上清丸、黃連上清丸、牛黃上清丸、芎菊上清丸的作用是非常接近的。
首先，它們的主要成分大體相同。例如都有黃芩、梔子用來清熱，白芷、防風、荊芥用來祛風止痛。
此外，它們最重要的共同特點還是體現在“上”字。上，就是上焦的意思，也就是說，上清丸是爲“上焦”（如肺臟、上呼吸道）等清熱解毒。爲什麼會起到這樣的作用呢？原來上清丸都是選用一些藥性和質地比較輕浮、又能清熱解表的成分，如連翹、菊花、桔梗、薄荷、荊芥穗等;此外，上清丸的有些成分還註明要經過“炒”甚至“酒炒”才能入藥，使某些本來不夠輕浮的藥物變得輕浮起來，例如黃芩、梔子、防風，還有黃柏、大黃。這樣，基本上所有的成分都能達到“清上焦熱”的效果，這就是“上清丸”名稱的由來———“上清丸”系列本身就是主治上焦發熱的，臨牀上擅長於各種上呼吸道感染所導致的發熱、疼痛。
第三，由於“上清丸”系列的主要成分都偏寒涼，可能影響消化功能，所以年老體弱、消化功能不好的患者使用的時候要特別謹慎;在服藥期間要停止食用所有可能傷胃的辛辣刺激食物;最後，上清丸的成分比較複雜，一般來說，孕婦忌服。
