敗血症往往發病急，病情重。在治療方面，首先是要使用抗菌藥物進行治療，一般是要針對細菌敏感的抗生素來選用進行治療，如果是葡萄球菌敗血症，要選用頭孢挫林等，還可以選用氟喹諾酮類的如左氧氟沙星，還可以聯合使用阿米苄星等進行治療。
如果是革蘭氏陰性桿菌敗血症，那麼，要選用頭孢呋辛酯或者是頭孢克洛等等，與慶大黴素或者是阿米苄星聯合使用。如果是綠膿桿菌敗血症，應該選用帕拉西林、他唑巴膽等進行治療。如果是厭氧菌感染所引起來的，要兼顧厭氧菌，需氧菌來選用抗生素。如果是真菌的引起的敗血症，應該選用抗真菌或者和其他感染性的致病菌，來兼顧兩者進行選用，還要給予補充各種維生素能量合劑，或者是白蛋白血漿，或者是新鮮血等來補充機體的消耗、支持器官的功能，及時糾正水電解質的紊亂。
如果有休克或者是中毒性心肌炎等嚴重毒血癥的表現，還有相應的給予升壓強心或者是短程的腎上腺皮質激素治療。如果有高熱劇烈頭痛、煩躁不安者，那麼還要給予退熱劑與鎮靜劑進行一個治療。
