選擇可靠的醫院目前國家規定，門診藥流僅限於停經49天以內（從末次月經第一天算起）。並且子宮大小與停經天數符合的早期妊娠。大多數正規醫院還要求婦女服藥前先做B超檢查，以排除宮外孕（宮外孕是藥物流產的重要禁忌症），同時覈查孕齡。服藥（米索前列醇）後，孕婦必須留院觀察4-6小時，由醫務人員幫助確定胎囊是否排出。當天未見胎囊排出，則應該在1星期後複查。如發生大出血，可能爲不完全流產，需要急診刮宮，所以施行藥物流產的醫療機構必須有刮宮和搶救條件。如果就診的醫療場所沒有以上設備、規定和措施，爲安全起見。還是趁早與它“再見”爲妙。
服藥的全過程現在國內藥物流產應用的藥物主要有兩種，即米非司酮與米索前列醇。多數醫院的服法是：連續2天空腹服用米非司酮（劑量遵醫囑），服藥後1小時最好禁食。第三天早晨，再空腹服米索前列醇。
服藥後的反應服米非司酮時，不良反應輕，大多數婦女沒有什麼感覺。服完藥後可回家，可以照常工作。少數人可能會輕度頭暈、腹痛，有少量陰道出血（出血與否並不會影響流產效果）。服米索前列醇後，70%左右的人會在4-6小時內排出胎囊。這段時間內要留在醫院，由醫生觀察這期間的出血、腹痛和排出物。因爲等待時間較長，可以帶些食品、報刊去醫院，最好再準備一些衛生巾。
排出物什麼樣隨血排出的胎囊，爲粉紅色的肉樣組織，有時可見其中有一個小水泡。如在醫院觀察期間沒有排出胎囊，回家後要注意觀察陰道排出物。此時尤其要注意與血塊鑑別（血塊呈深紫紅或黑紅色，質地均勻而軟），1星期後，要攜帶排出物到醫院複查。少數婦女（4%-5%）僅服用米非司酮即會排出胎囊，如果出血不多，可用清潔小瓶盛放、保留排出物，第三天（原來預約服用米索前列醇的日子）帶到醫院檢查，如果出血很多，則應立即攜帶排出物去醫院急診。
流產後的出血接受藥物流產的婦女，流產後陰道出血的時間一般比接受刮宮術的婦女長。如果停經只有35天左右，一般出血較少。如果停經天數較多，則出血時間也會延長。總的來說，平均出血天數爲14-18天。所以，流產後2個星期左右應該回醫院複查。如果出血持續3個星期不淨，或出血量大且伴有血塊，則應及時做清宮術，以免留下後遺症，影響今後妊娠。
要不要休假按照國家規定，刮宮術流產後的休假時間爲2個星期，藥物流產後的休假與此相同。但臨牀上。很多婦女藥物流產後沒有按規定休假。一方面，是因爲有些個體醫生抓住婦女圖方便或怕別人察覺的心理，欺騙她們藥物流產可以不請假、不影響學習和上班。另一方面，婦女們自認爲沒有經歷手術損傷，就可以少休息甚至不休息。實際上，藥物流產引起的妊娠終止的生理變化同樣存在，對婦女的身體同樣會帶來損傷。不好好休息，當時可能不覺得有何不適，但日後會有腰痠、腹疼，嚴重者會長期盆腔充血。
流產後的保健藥物流產與手術流產一樣，流產後的婦女要做好個人衛生保健，注意保持局部清潔，每天清洗外陰，使用清潔的衛生巾。因爲流產後子宮尚未完全復原，宮口未完全關閉，所以要避免性生活，以防止感染。最好能禁慾1個月，尤其出血未止時，一定不要闖“紅燈”。
