隨着可使用藥物的增多及一些新的研究結果的出現，抗逆轉錄病毒治療變得更加複雜。近年來關於何時開始抗逆轉錄病毒治療（ART）存有很大的爭論，總的趨勢是更加保守。首先這是因爲，即使病毒被長期抑制到血漿中不可檢測的水平，目前的治療也不能根除體內的HIV，HIV仍在進行低水平的複製。目前的治療方法將可能是終生的。其次，如果終身長期服藥，病人服藥的依從性很難保證。另外，抗病毒藥物帶來的副反應（特別是藥物的長期毒性）以及HIV耐藥性的產生都是要考慮的因素。在發展中國家，由於有限的醫療資源，還要考慮經濟上的理由。因此對何時開始ART，我們將不得不綜合考慮並加以進一步研究。
推遲治療被認爲是安全的。國外的研究表明，CD455000拷貝/ml（RT-PCR法）的HIV感染者，約15%在3年內進展爲艾滋病（AIDS），並且治療後仍可獲得免疫重建。當CD4350/mm3相比，死亡率有所上升，但在統計學上沒有顯著性差異。另外對死亡率和比例風險函數（hazard ratio）有顯著性影響的因素是，治療開始時存在機會性感染（OI）和開始HAART之前曾經接受過單藥或兩聯藥物治療（由於產生了耐藥，導致治療失敗，引起死亡）。另外HIV-RNA也是死亡率預測指標之一，HIV-RNA50拷貝/ml）。CD4-T淋巴細胞計數應逐漸上升。這兩項指標的監測間隔時間最好是3～4個月。血漿中病毒載量下降的速度可預測HIV-RNA
