中醫學認爲，肛瘻的形成與以下幾個方面有關：
1外感六淫之邪所致：如《河間六書》雲：“蓋以風、熱、燥、火、溼邪所致，故令肛門腫滿，結如梅核，甚至乃變而爲瘻也。”《本草綱目》雲：“漏屬虛與溼熱。”均明確認識到肛瘻與風、熱、燥、火、溼邪侵襲人體有關。
2痔瘡久而不愈：《諸病源候論》雲：“痔久不瘥，變爲瘻也”.
3飲食肥甘厚味，恣酒，憂思，便祕，房勞過度：《千金方》雲：“肛門主肺，肺熱應肛門，熱則閉塞，大行不通，腫縮生瘡”.《丹溪心法》曰：“人唯坐臥溼地，醉飽房勞，生冷停寒，酒面積熱，以致榮血失道，滲入大腸，此腸內臟毒之所由作也。”而《外科正宗》雲：“夫髒毒者，醇酒厚味，勤勞辛苦，蘊毒流注肛門結成腫塊。”
4其他原因：《薛氏醫案》雲：“臀，膀胱經部分也。居小腹之後，此陰中之陰，其道遠，其位僻，雖太陽多血，氣運難及，血亦罕到，中年後尤慮此患。”據此，認爲肛瘻與局部氣血運行不足有關。對於病變過程，《內經》認爲是因：“營氣不足，逆於肉理，乃生癰腫。”《千金翼方》則明確指出瘻是癰疽的後遺疾患，雲：“一切癰疽，皆是瘡瘻根本所患。癰之後膿汁不止，得冷即是鼠瘻”。中國是世界上認識肛瘻最早的國家，其病名最早見於《山海經》。
中醫認爲肛瘻的病因病機大體有三種情況。一是外感風、溼、熱、燥、火等六淫邪氣，順胃腸傳於下部，使肛門腫滿，"結如梅李核"，然後轉變爲肛瘻。所謂"結如梅李核"，是講在肛門邊緣鼓出如梅核或李核大小的硬結。二是久痔不愈毒氣聚結肛邊，瘡口不合．時流膿血而成感＿三是飲食辛辣，醇酒厚味．或情念不暢，勞累過度，產生溼熱，下注肛門，潰腐成癰，肛癰潰後不斂，則成肛瘻。總之，中醫關於肛瘻成因的論述，核心思想是體內產生溼熱毒火，下注於肛門而成。溼熱的來源多源於飲食，所以中醫很強調飲食要有節制。
