生殖器皰疹應與以下幾種疾病相鑑別：
1、硬下疳
爲硬性潰瘍，邊緣整齊。
2、淋病
淋病也可發生龜頭包皮炎，但主要表現爲急性化膿性尿道炎。
3、固定紅斑性藥疹
常常由於口服磺胺類藥物或止痛類藥物引起。發生於陰部，有紅腫，常破潰，糜爛，也有復發，要仔細地詢問病史。
4、龜頭包皮炎
初起潮紅、糜爛，但很少出現水皰。可有滲液，包皮水腫不能上翻，有時有膿性分泌物。依據不同的病因可分爲外傷性龜頭炎、接觸性龜頭炎、感染性龜頭炎、念珠菌性龜頭炎、阿米巴性龜頭炎、滴蟲性龜頭炎、漿細胞性龜頭炎等。
