生殖道衣原體感染的診斷需要依靠性接觸史、臨牀表現和化驗檢查結果。當有典型的尿道炎、宮頸炎症狀時，診斷不難。但由於無症狀感染多見，化驗檢查顯得十分重要。
通過化驗可以確定病因，從而針對病因進行治療，並有助於對病人的性伴作治療以防止進一步傳播;還可發現無症狀感染者，有助於消除傳染源;在女病人中檢查並治療衣原體感染將能防止異位妊娠或不育的發生。
診斷沙眼衣原體感染的化驗檢查方法包括標本塗片染色顯微鏡檢查、衣原體培養法、衣原體抗原檢測、DNA檢測及PCR檢測。塗片檢查是一種簡便、價廉的診斷方法，可用於新生兒眼結膜刮片的檢查，但它不適宜用於生殖道沙眼衣原體感染的診斷，因爲在這種情況下，它的敏感性和特異性均極低。
衣原體培養是目前檢測沙眼衣原體感染最爲敏感和特異的方法，敏感性爲70%～95%，可用作確證試驗和治療後的判愈試驗，但實驗室條件要求高，價格昂貴。抗原檢測法診斷沙眼衣原體感染的敏感性爲70%～90%，特異性爲83%～99%，快速，價廉，操作簡便，但對於實驗人員的技術水平要求較高。PCR診斷生殖道沙眼衣原體感染的敏感性高於培養法，特異性可達99%～100%，但檢測條件和操作人員的水平要求高，容易導致出現假陽性結果，僅適合在高級別醫院或機構開展。
此外，在性病性淋巴？腫和沙眼衣原體性附睾炎、輸卵管炎時，檢測血清抗體水平有助於診斷。值得注意的是，目前在各種形形色色的性病診所或機構中盛行的多媒體顯微儀（MDI）檢查，其可靠性沒有得到科學的證明，其應用也未得到國家衛生機構的批准。
怎樣治療生殖道衣原體感染
生殖道衣原體感染的治療原則是：①早期診斷、早期治療;②及時、足量、規則治療;③不同病情采用不同的治療方案;④同時治療性伴。對於成人和青少年患者，可使用四環素類藥物（如多西環素、米諾環素、四環素等）、大環內酯類藥物（如阿奇黴素、紅黴素、琥乙紅黴素、羅紅黴素、克拉黴素等）和喹諾酮類藥物（如氧氟沙星、左氧氟沙星等）等藥物治療，療程爲1～2周。
對於妊娠期患者，可使用紅黴素、琥乙紅黴素、阿齊黴素治療，療程爲1～2周。孕婦禁用四環素類和喹諾酮類藥物。這些藥物治療生殖道衣原體感染的治癒率多在90%以上。
當治療結束後，病人的自覺症狀消失，檢查男性病人無尿道分泌物，尿沉渣無白細胞，女性病人宮頸黏液膿性分泌物消失，則可認爲臨牀治癒。在判斷是否痊癒時，一般不作病原體檢查。生殖道衣原體感染經及時正規治療後，多能治癒，無任何後遺症。如病人經正規治療但症狀持續存在，或症狀消失後又出現，最可能的原因是其性伴未經治療，發生再感染，或是存在引起尿道炎或宮頸炎的其他原因或病原體（真菌、病毒、支原體等）感染，應到醫院複診以查明原因。
要強調的是，治療性伴是治療衣原體感染的重要組成部分，對性伴進行治療可降低衣原體感染的複發率。此外，沙眼衣原體尚未出現對抗生素的明顯耐藥性，因此病人在接受治療時，不必擔心衣原體耐藥的問題。
如何預防生殖道衣原體感染
預防衣原體感染的根本措施在要提倡安全性行爲（包括安全套的使用），杜絕非婚性接觸，潔身自好。病人在患病期間不從事可能擴散疾病的職業，如保育員、護理及浴室工作等。在醫院及託兒所等處，如發現工作人員患病及入托幼兒有外陰陰道炎，要注意觀察。爲防止間接傳染應分開使用體溫表，對浴室、毛巾及牀單等應進行消毒。
爲預防性伴間相互感染，性伴任何一方患有本病未徹底治療之前，應避免性生活，若有性生活則必須使用安全套，並應嚴格分開使用毛巾、臉盆、牀單等可致傳染的物品;污染物可煮沸消毒或使用消毒劑。
避孕措施可改變沙眼衣原體感染的傳播和併發症的發生。不使用任何避孕方法或使用安全期避孕法對感染不起任何保護作用。使用屏障避孕法（如安全套），如方法正確且堅持使用，可使衣原體感染率降低一半以上。陰道隔膜加殺精劑也可起一定的保護作用。而口服避孕藥可能增加生殖道沙眼衣原體感染的易感性。因此使用安全套等屏障式避孕措施是預防生殖道沙眼衣原體感染的有效方法。
在體外，衣原體的生存能力差，衣原體對熱敏感，其傳染性在60℃10分鐘完全喪失，在37℃48小時內即顯著下降，在4℃僅能良好存活約24小時。在室溫下，乙醚30分鐘、0.1%福爾馬林24小時以內、0.5%石炭酸24小時以內，均可完全滅活衣原體。因此，煮沸或使用化學消毒劑很容易將沙眼衣原體殺滅。此外，許多市售的消毒劑（包括洗液和噴霧劑）也能有效殺滅體外的沙眼衣原體。
總之，生殖道沙眼衣原體感染是一種性病，可引起尿道炎、宮頸炎等多種臨牀表現，導致不育症、異位妊娠等後果，並可通過母嬰傳播而影響優生優育。同時，這種疾病的治療效果很好，而且個人預防也並不困難
