青春痘患者絕大多數是不會留下明顯痕跡的，但也有少數患者由於病情比較嚴重，又未能及時合理的治療，或病情雖不算嚴重但治療和護理不得法，從而留下一些後遺症。青春痘最常見的後遺症主要有兩種：瘢痕和色素變化（即皮膚顏色永久性改變）。
青春痘留下的瘢痕有兩類，即隆起的增生性瘢痕和凹陷的萎縮性瘢痕，有時二者可同時存在。多見於囊腫性青春痘、聚合性青春痘、壞死性青春痘和暴發性青春痘等重症型青春痘患者，當局部炎症深達真皮時，愈後都會留下瘢痕。臨牀上以凹陷性瘢痕更爲多見，治療起來也更難。有時較輕的青春痘由於患者自行擠壓，常常導致凹陷性小瘢痕形成，如果不注意衛生而招致化膿感染，則有可能遺留較大的瘢痕。
青春痘引起的色素變化包括色素沉着和色素紊亂或兼而有之。青春痘的色素變化屬於繼發性的，繼發於炎症，感染之後。青春痘的皮疹在發生發展過程中可產生炎症，還可發生感染，當炎症、感染治癒後，便可出現色素方面的改變，如色素加深或紊亂。如果青春痘患者只有粉刺、丘疹和小膿皰，而這些損害通常無明顯的炎症，故一般是不會留下色素變化的。但有些患者經常有意無意地擠壓這些皮疹，結果適得其反，在擠壓過程中皮膚受到刺激而產生炎症，最終導致色素變化。
