臨牀上尿道炎的症狀有多種，主要有：
1、潛伏期：1~4周，病人有疲勞、感冒等抵抗力下降、不潔的性生活史。
2、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長時間不排尿（如晨起）尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有時僅表現爲晨起痂膜封住尿道口或污染內褲。檢查時，需由後向前按擠前尿道纔可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時病人有症狀無分泌物，也可無症狀而有分泌物。
3、急性期尿道口紅腫，有尿道分泌液，開始爲粘液性，以後轉爲膿性。尿道粘膜瀰漫性充血、水腫，有時形成潰瘍。
4、如果一次小便先後解在三隻玻璃杯中，第一杯呈渾濁狀態，而第二、第三杯小便卻呈清晰狀態，那就說明是前尿道炎;假如第三杯小便呈渾濁狀態，第一、第二杯呈清晰狀態，則說明是後尿道炎。
5、起病不如淋病淋病急，症拖延，時輕時重，但比淋病輕。約50%的病人有尿痛、尿道癢等症狀。初診時很易被漏診。女性非淋菌性尿道炎更輕，無尿痛或輕微尿痛，可出現少量分泌物。有時宮頸也有炎症或糜爛，宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞（高倍鏡下每視野超過10個）。
6、極少數病人可伴發綜合徵：尿道炎、關節炎、角膜炎、結合膜炎及皮疹。
7、排尿時尿道有燒灼痛，尿頻、尿急、恥骨上區以及會陰部位有一陣陣的疼痛，尿道部位按壓痛。
8、常與淋病同時感染。前者先出現淋病症狀，經抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周後發病。臨牀上很易被誤認爲淋病未治癒或復發。
9、尿道炎進入慢性期後症狀減輕，尿道分泌物減少，呈稀薄漿液狀態，但尿道有刺痛感覺或者排尿不舒適感覺。
10、尿檢時有紅細胞和白細胞，少數有肉眼可看見的血尿，尿道分泌物呈陽性，經培養後找到致病細菌。
