非淋菌性尿道炎的潛伏期可有數天至數月，但多數爲1至3周。常表現爲尿道內的不適，發癢、燒灼感和排尿困難、疼痛、少數有尿頻。 尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄、量少，爲漿液性和膿性，多需用手擠壓尿道才發現有分泌物溢出。 長時間不排尿或早晨首次排尿前可能見到溢出尿道口的分泌物污染內褲，結成粘糊狀，可封住尿道口（俗稱爲 “ 餬口 ” 現象）。有30%-40%的患者可無任何症狀，也有不少病人症狀不典型，有約一成左右的患者可同時合併淋球菌感染。
男性非淋菌性尿道炎表現爲尿道不適、發癢、燒灼感或刺疼，尿道紅腫，尿道分泌物多爲漿液狀、稀薄、晨起有“餬口”現象。女性非淋菌性尿道炎表現爲宮頸的炎症和糜爛、分泌物增多，宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞（高倍鏡下每視野超過10個），陰道及外陰瘙癢，下腹不適感。注意：有些病人可無症狀或症狀不典型，易被漏診。宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞（高倍鏡下每視野超過10個）。
尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長時間不排尿（如晨起）尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有時僅表現爲晨起痂膜封住尿道口或污染內褲。檢查時，需由後向前按擠前尿道纔可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時病人有症狀無分泌物，也可無症狀而有分泌物。
常與淋病同時感染。前者先出現淋病症狀，經抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周後發病。臨牀上很易被誤認爲淋病未治癒或復發。
