乙型肝炎疫苗全程接種共3 針，按照0、1、6 個月程序，即接種第1 針疫苗後，間隔1 及6 個月注射第2 及第3 針疫苗。新生兒接種乙型肝炎疫苗越早越好，要求在出生後24 h 內接種。新生兒的接種部位爲大腿前部外側肌肉內，兒童和成人爲上臂三角肌中部肌肉內注射。單用乙型肝炎疫苗阻斷母嬰傳播的保護率爲87.8%。
1)如果新生兒的父母均沒有乙肝，該新生兒在出生後應儘快(24小時內)給予基因工程乙肝疫苗1支肌肉注射，注射部位新生兒爲大腿前部外側肌肉1個月後，再打1支，6個月後再打1支，一共3針，此方案稱爲0、1、6方案;兒童和成人打疫苗前需先進行化驗，如果乙肝三系統檢查均爲陰性，轉氨酶正常，可以按0、1、6方案進行乙肝疫苗接種(成人一般劑量加倍)。免疫成功率爲90%以上，免疫成功的標誌是乙肝表面抗體轉爲陽性，保護時間一般至少可持續12年，接種者可定期複查乙肝三系統，只要表面抗體依然存在，證明免疫能力依舊。
2)對於母親一方爲單純表面抗原陽性的新生兒，單用乙肝疫苗就可取得比較滿意的效果，乙肝疫苗的使用方法依然是0、1、6方案，有報導認爲第一針可打2支(10微克/l毫升)效果更好。
3)對於母親一方爲乙肝病毒表面抗原和e抗原雙陽性的新生兒最好是聯合應用高效價的乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗。具體方法是新生兒採用注射2次高效價乙肝免疫球蛋白(出生後立即及出生後1個月各注射1支，每支200國際單位)及3次乙肝疫苗(每次10微克，生後2、3、5月各注射1次);也有采取出生後立即注射1支高效價乙肝免疫球蛋白，及3次乙肝疫苗(每次15微克，生後立即及1月、6月各注射1次)，2個方案保護的成功率都在90%以上。
4)對於意外暴露於乙肝病毒的人，在意外接觸 HBV 感染者的血液和體液後，可按照以下方法處理：a.血清學檢測 應立即檢測HBsAg、抗-HBs、ALT 等，並在3 和6 個月內複查。b.主動和被動免疫 如已接種過乙型肝炎疫苗，且已知抗-HBs ≥10 mIU/ml 者，可不進行特殊處理。如未接種過乙型肝炎疫苗，或雖接種過乙型肝炎疫苗，但抗-HBs <10 mIU/ml 或抗-HBs 水平不詳，應立即注射HBIG 200~400 IU，並同時在不同部位接種一針乙型肝炎疫苗 (20μg)，於1 和6 個月後分別接種第2 和第3 針乙型肝炎疫苗 (各20μg)。
乙肝疫苗的接種需視具體情況並遵醫囑進行，接種疫苗後一般反應輕微，少部分人可能出現低熱、接種部位紅腫、壓痛等症狀，一般均在1～2天內消失，乙肝疫苗使用的安全性有可靠的保證。
從免疫效果看，大量研究表明，受種者的抗體陽轉率在90%以上，接種疫苗後三年，保護率在80%以上;而且，只要疫苗合用方法適宜，疫苗HbsAg含量足夠並穩定，疫苗免疫阻斷母嬰傳播的效果也十分理想。
