中藥的命名法則，概括起來有以下幾種：
1.按藥用部分命名 以入藥部分命名的中藥最爲廣泛，大多數的中藥多以其部位作爲命名的依據。如葛根、蘆根、山豆根、板藍根、白茅根、麻黃根等，都是以根入藥；而枇杷葉、桑葉、側柏葉、淡竹葉、艾葉、荷葉、紫蘇葉等，則都是以葉入藥的；以花入藥的有芫花、金銀花、菊花、厚朴花、月季花等；以種子、種仁入藥的則有車前子、芥子、蘇子、青葙子、蛇牀子、菟絲子、葶藶子、桃仁、杏仁、火麻仁等，以種皮、莖皮及根皮入藥的有大腹皮、陳皮、桂皮、秦皮、苦楝皮、地骨皮、桑白皮、白鮮皮、五加皮等；以全草入藥的有仙鶴草、燈心草、車前草、老鸛草、金錢草、旱蓮草；以莖枝入藥的有桑枝、桂枝、紫蘇梗等；以藤莖入藥的有石楠藤、青風藤、海風藤、絡石藤、雞血藤等。動物藥中有以器官、組織入藥的，如雞內金、鹿茸、鹿角、熊膽汁、豬膽汁、海狗腎、黃狗腎等；以蟲類動物全體入藥的有九香蟲、地鱉蟲、虻蟲、僵蟲、全蟲等；其他如陽起石、花蕊石、海浮石、寒水石、滑石、滋石、代赭石、爐甘石等，則都是以礦石入藥而得名的。
2.按藥物產地命名 一般以主產區來命名，多爲當地的地道藥材。在古代有按當時的國名來命名的：如秦艽、秦椒、吳茱萸等；後世則多以當時的行政區來命名：如四川產的川烏、川芎、川貝母、川楝子、川牛膝等，東北產的北細辛、北口芪、關防風、關木通、遼五味等；浙江的杭白芍、杭菊花等；河南懷慶府（今新鄉地區）產的“四大懷藥”（懷生地、懷牛膝、懷山藥、懷菊花）等，江蘇產的蘇薄荷、蘇藿香等。從國外進口的則多冠以胡、番之名：如胡椒、胡麻仁、胡桃仁、胡黃連、番木鱉、番瀉葉等。
3.按藥物氣味命名 以藥物特有的氣、味來命名，對於藥物的真僞鑑別有一定的意義。如麝香、丁香、木香、沉香、檀香、蘇合香、松香、乳香等，都是以其具有特異香氣而得名的；又如具魚腥氣的魚腥草；敗醬氣的敗醬草等，也是以其是特異氣味而得名的；而苦味的龍膽草、苦蔘、苦楝皮等，甜味的甘草、甜杏仁等，多味的五味子，鹹味的鹹蓯蓉，則均以其藥味作爲命名的依據。
4.按性能命名 以藥物性能作用命名：如活血調經的益母草，清肝明目的決明子、石決明，治創傷骨折的續斷、骨碎補，瀉熱導滯的番瀉葉，用治瘡瘍的蚤休，舒筋通絡的伸筋草，治風通用的防風，烏須黑髮的何首烏，益智安神的遠志等。
5.按藥物顏色命名 以藥物固有的色澤而命名：如白色的白芷、白芍、白菊花、白及、白附子等，紫色的紫草、紫丹蔘等；紅色的紅花、紅藤、雞血藤等；青色的青黛、青蒿等，黃色的黃連、黃柏、黃芩、黃菊花、大黃等。
6.按採藥季節命名 各種藥用植物，都有一定的採收季節，按時採收，即可入藥。如早春開花的迎春花，仲夏成熟的半夏，夏至成熟的夏枯草，以夏至前後採收爲好的冬蟲夏草，冬季採挖的款冬花，四季常青的四季青，經霜採收的冬桑葉，經冬不凋的忍冬藤等，都是以其採收時節而命名的。
7.按藥物形態命名 以藥物或藥材的生長形態而命名，也是中藥命名的一大特點。典型的有七葉一枝花、半邊蓮、垂盆草、紫花地丁、桑寄生等，其他如人蔘形如人體，鉤藤節上對生兩個向下彎曲的鉤，烏頭形似烏鴉之頭，木蝴蝶形似白色蝶翅，貓爪草爲數個呈紡錘形的塊根簇生一起形似貓爪，狗脊形似狗之脊骨，因全體密披金黃色茸毛又名金毛狗脊；金銀花因其一蒂二花、黃白相映等，都是按藥物形態命名的。
8.按人名命名 以最早發現和應用該藥的人來命名，帶有紀念性質。如“徐長卿”爲徐氏最早發現的一種藥用植物；其他還有使君子、杜仲、劉寄奴、何首烏等，都是以人名命名。
9.按進口地命名 從國外進口或產於我國少數民族地區的藥材，按來源地命名。如番紅花主產於西班牙、希臘、伊朗等國家，過去多經西藏輸入內地又名藏紅花、西紅花；高麗蔘產於朝鮮（古代稱高麗），東洋蔘主產日本國，西洋參主產於美國等。
10.按譯音命名 以翻譯後的中文音而命名。如訶黎勒即訶子，曼陀羅等。
以上的中藥命名法則，一般多取其中一項，但也有一個藥名兼有兩、三項的，如按人名命名、以形態命名的，則多隻取其一項；而不少藥名是兼取兩項的，如紅花、白菊花、黃菊花等既言其色，又取其部位；而番紅花則既說明其產地，又說明了它的顏色，還指出了它的部位。但應指出，以上命名法則絕大多數與實際相符，但也不能一概套用，如有的藥名雖然有部位，但與實際不符，如夏枯草、貓爪草，前者入藥部位爲其果序，後都入藥部位爲其根，而非用其草。
