“魚腥草”入藥具有清熱解毒、消癰排膿、利尿通淋的作用，常與蘆根、桔梗、瓜蔞等同用於治療肺膿瘍，痰熱喘咳。用於熱毒瘡瘍時，可與野菊花、蒲公英、金銀花等同用，亦可單用鮮品搗爛外敷；若皮膚瘙癢，蚊蟲叮咬，疔癤紅腫癢痛，亦可單用本品製成搽劑，外塗患處；用於膀胱溼熱，小便淋漓澀痛時，常與車前子、白茅根、海金砂等同用；用於大腸溼熱、泄瀉痢疾時，多與黃連、黃柏、白頭翁等配用，也可與山楂炭配伍，治療熱痢。
以魚腥草爲主要成分的常用中成藥製劑有魚腥草注射液，具有清熱、解毒、利溼的作用，用於肺膿瘍、痰熱咳嗽、白帶、尿路感染、癰癤等。複方魚腥草片（由魚腥草、黃芩、板藍根、連翹組成）具有清熱解毒的作用，用於外感風熱引起咽喉疼痛、扁桃腺炎等。
