會議指出，去年8月份以來，全國已有超過50%的基層醫療衛生機構實施了基本藥物制度，實行藥品零差率銷售，在減輕羣衆用藥負擔的同時，基層醫療衛生機構出現了較大收支缺口。
因此，會議提出部署建立同步落實補償政策，建立穩定的補償渠道和補償方式，保證基層醫療衛生機構平穩運行和發展，調動基層醫療衛生機構和醫務人員積極性，確保基本藥物制度順利實施。
會議確定，政府舉辦的鄉鎮衛生院、城市社區衛生服務機構的運行成本將通過政府補助和服務收費補償。基本建設和設備購置支出由政府根據規劃足額安排，人員經費由政府安排補助。2010年政府按照人均不低於15元的標準落實基本公共衛生服務經費，2011年起進一步提高。醫療服務價格按扣除政府補助後的服務成本制定，醫療服務收費增加部分由醫保支付。落實政府補助和調整服務收費後基層醫療衛生機構的經常性收支差額，由政府在年度預算中足額安排。
會議要求，基層醫療衛生機構主要提供基本公共衛生服務和基本醫療服務，其診療科目、牀位數量、人員和設備配備等要與功能定位相適應。完善人事分配製度，實行以競聘上崗、合同管理爲主要內容的聘用制度和崗位管理制度。推進基本醫保門診統籌和醫保付費方式改革。建立基層醫療衛生機構考覈激勵機制，堅持多勞多得、優績優酬，保障基層醫務人員合理收入水平不降低。
會議還提出，要加大對鄉村醫生的補助力度，將符合條件的村衛生室的門診服務納入新農合報銷範圍。鼓勵各地在房屋建設、設備購置以及人員培訓等方面對村衛生室給予一定扶持。
會議還關注到了非政府舉辦的基層醫療衛生機構，將通過政府購買服務等方式對其承擔的公共衛生服務給予補助，並將符合條件的機構納入醫保定點範圍，執行與政府辦基層醫療衛生機構相同的醫保支付和報銷政策。
會議要求，各地區、各有關部門要制訂具體補償辦法。
