會議聽取了本專項各項目領域總體進展情況和部分重點課題進展的彙報，對專項重點任務推進、組織實施機制創新、“十二五”計劃編制等進行了討論，對下一階段工作提出了明確要求。
“傳染病防治專項”啓動實施兩年來開局良好，進展順利，部分研究取得階段成果並初顯成效，爲順利實現“十一五”計劃目標奠定良好基礎。陳竺部長在會上充分肯定了本專項取得的進展，要求各相關單位和專家進一步增強責任意識和大局意識，嚴格按照7月8日劉延東國務委員在生物與醫藥領域科技重大專項彙報會上的講話精神，全面推進專項實施。會議對下一階段工作提出四個方面的要求：
第一，圍繞專項目標，力爭取得重大科技突破。要始終圍繞降低“艾滋病、病毒性肝炎和結核病的發病率和病死率”和“提升新發突發傳染病應急處置與綜合防控能力”的專項目標，進一步突出重點，加強頂層設計，集成優勢資源，堅持長期不懈努力，力爭在重大科學問題和關鍵技術上取得重要突破。
第二，勇於探索，創新科研體制機制。一是探索建立專項的新型舉國體制，統籌項目、人才、基地和學科的發展，突破部門系統壁壘和傳統科研文化束縛，形成協同高效的“大兵團作戰”機制。二是建立產、學、研、用深度融合機制，充分發揮企業技術創新主體作用，建立成果轉化的政府引導和專家指導機制。三是強化分級負責的實施管理機制，充分調動中央和地方雙方的積極性，並切實落實專家組技術管理責任。四是建立共贏的國際合作機制，不斷增強我國軟實力。五是創新組織管理機制，將專項實施與醫藥衛生體制改革、臨牀轉化醫學中心建立、臨牀診療規範和路徑制定等工作緊密結合。
第三，解放思想，加大人才隊伍建設力度。加強人才隊伍建設規劃，樹立開放的人才觀，堅持自主培養與引進相結合。改進人才評價機制，優化人才成長環境，將專項部分項目與重點單位人才培養結合，構建結構科學合理的人才隊伍體系。
第四，注重轉化，促進專項成果造福全民。加強專項成果轉化與推廣應用，並與公共衛生服務均等化、重大傳染病防控等工作緊密結合，使專項成果得到共享。同時要注重開展面向公衆的傳染病防控知識傳播和健康教育，加大宣傳和與公衆溝通力度。
