《意見》提出，要逐步降低政府指導價藥品的流通差價率，對流通環節差價率(額)實行上限控制，並對高價和低價藥品實行差別差率控制，低價藥品差價率從高，高價藥品差價率從低，利用價格槓桿促進藥品流通領域兼併重組，擴大規模，集約經營，降低成本，減少流通費用。
《意見》稱，將調整政府管理藥品價格範圍。政府管理藥品價格的重點是國家基本藥物、國家基本醫療保障用藥及生產經營具有壟斷性的特殊藥品。其他藥品實行市場調節價，對其中臨牀使用量大面廣的處方藥品，要通過試點逐步探索加強價格監管的有效方法。
《意見》指出，政府制定公佈藥品指導價格，生產經營單位自主確定實際購銷價格。納入政府價格管理範圍的藥品，除國家免疫規劃和計劃生育藥具實行政府定價外，其他藥品實行政府指導價。麻醉藥品、一類精神藥品由政府定價形式改爲政府指導價，並對流通環節按全國性批發和區域性批發分別制定進銷差價率的上限標準。
實行政府指導價的藥品，生產經營單位在不突破政府規定價格的前提下，根據市場供求情況自主確定實際購銷價格。
《意見》稱，將鼓勵基本藥物生產供應。按照通用名稱合理制定基本藥物零售指導價格，不區分具體生產經營企業。覈定基本藥物零售價格，要嚴格控制營銷費用，壓縮流通環節差價率。保持基本藥物價格相對穩定，保障國家基本藥物正常生產和供應。
《意見》強調，要規範藥品市場交易價格行爲。藥品生產經營單位應按照誠實守信的原則合理制定購銷價格，要加強行業自律，公開價格信息，提高價格形成的透明度，禁止價格欺詐、價格壟斷、價格歧視及其他損害消費者合法權益的行爲。
