CT掃描是通過發射X線來實現的，這種高速微小X線光子流照射人體後，一部分穿透人體，一部分被人體組織所吸收，並積存於人體內。若短時間內多次照射，會引起白血球降低，出現疲勞乏力、眩暈、嘔吐等症狀，尤其是孕婦、新生兒和身體極度虛弱的患者，照射後更易誘發畸變、癌變及其它不良反應。
CT檢查的輻射量有多大？
自打40年前，計算機斷層掃描技術（CT）成爲醫生常用的檢查手段之後，研究者就一直擔憂，這項醫學成像檢查會增加病人患癌症的風險。CT掃描儀通過對人體施以x射線照射而獲得圖像，而這種射線會破壞DNA，造成突變，誘使細胞發生癌變。
並且，單次CT掃描讓人體接受的輻射劑量是傳統x射線機的150～1 100倍，大致相當於人體一年內從自然和人工射線源接受的輻射劑量的總和。不過，過去醫生們一直假定，CT掃描利大於弊。因爲，利用環繞頭部、胸部和其他身體部位的x射線，掃描儀能夠構建三維圖像，比來自傳統x射線機的圖像精細許多。醫生能夠藉此做出更準確的診斷。
CT檢查會致癌？
過去10年，一些研究再次激起了人們的擔憂。美國國家癌症研究所的科學家估計，美國2007年發生的7 200萬次CT掃描，是此後發生的29 000例癌症的誘因。這相當於在美國每年確診的170萬癌症病例中，有2%都是由CT掃描導致的。2009年，一項針對舊金山灣區的醫學中心的研究，也估算了CT掃描帶來的癌症風險：每進行400～2 000次常規的胸部CT檢查，就會導致一個癌症病例。
但這一預測並不一定可靠，出於倫理原因，科學家不可能爲了評估CT的致癌風險，而對患者進行輻射。科學家評估輻射與癌症的內在聯繫時，很大程度上都依賴於一個可能有誤導性的數據集：第二次世界大戰期間，經歷過原子彈爆炸的那些倖存者（主要是存活時間較長的倖存者）的癌症發生率。
盲目做CT檢查 或會危害人體
煩躁不安和點頭呼吸病人也不宜做此項檢查。CT通過X線對人體掃描採集數據，再利用計算機獲取模擬圖像。在掃描過程中，病人的活動會使採集不完整或重疊，從而導致計算機無法重建其完整圖像。因此此類病人應在病情穩定和安靜狀態下進行掃描。
常規腹部CT掃描宜空腹，並於檢查前口服胃腸道造影劑，使胃腸道充盈，以便區分胃腸道與肝臟、腎臟等實質性器官。但腸梗阻等急腹症患者難於做到以上準備，因這類病人過度用口呼吸或出現反射性腸鬱張可使胃腸道積氣明顯增多，干擾其它組織結構的顯示，易導致漏和誤診，故急腹症患者最好不做急診CT掃描。
懷疑腦幹、後顱凹及脊髓病變患者不宜做CT。CT掃描是對X線吸收差別小的正常組織和病變本身的顯影，對X線吸收判別較大的結構如後顱凹、脊髓等，掃描後獲取的圖像可顯示橫帶狀“僞影”假象，嚴重影響這些部位病變的觀察。建議這些病人做磁共振檢查。
