治療多囊卵巢綜合徵，其處理就是採取綜合措施，多途徑打破異常作用的“惡性循環”環節。
1.明顯肥胖的患者首先應該減肥，控制飲食，加強運動，減輕體重。當體重減輕5%，即可減少體內過高的雄激素和胰島素，隨之月經恢復，以至排卵，甚至懷孕。
2.對於不肥胖或減肥無效的有生育要求的女性，如果輸卵管通暢，可應用藥物促排卵。克羅米芬是一種非類固醇藥物，具有弱雌激素及抗雌激素的雙重作用，是多囊卵巢綜合徵促排卵的首選藥物，排卵多發生在停藥7～10天時，此時患者性交易受孕。如果克羅米芬誘發排卵失敗，可用他莫昔芬（又稱三苯氧胺），或與克羅米芬交替使用。
3.對於用於克羅芬治療失敗的多囊卵巢綜合徵患者還可以用促性腺激素誘發排卵，但要在醫生的嚴密監測下進行，以防發生卵巢過度刺激綜合徵。脈衝式皮下或靜脈輸入促性腺激素釋放激素是促排卵的另一方法，但費用較昂貴。
4.二甲雙胍是治療II型糖尿病的藥物，可以增加胰島素受體敏感性和降低胰島素及雄激素水平，主要用於治療肥胖、胰島素過高的患者，一般八週內見效，部分患者可恢復規律月經和排卵，少數可妊娠。
5.慢性無排卵的多囊卵巢綜合徵，有10%～15%患者對克羅米芬促排卵無反應，若加卵泡刺激素仍無排卵，可在腹腔鏡下行卵巢打孔術或卵巢楔形切除術，同時檢查輸卵管情況，也可使部分患者恢復排卵受孕。
