體外射精最大的弊端就是避孕率低，其失敗原因主要有三點。
第一，性愛過程中，隨着性興奮不斷提升，男性生殖系統內的各種腺體分泌開始活躍起來，分泌液和部分精囊液會在射精前，就溢出尿道口並進入女性生殖道。這部分分泌液裏就含有一定數量的精子細胞。
第二，許多男性掌握不好射精的準確時間，陰莖拔出陰道的時間太晚，很容易造成精液留在陰道內或陰道外口處。
第三，遺留在女性陰道口周圍、男性陰莖或其他部位的精液，會因爲任何可能的原因進入女性生殖道內
偶爾一兩次的體外射精，對人體影響不大。但有些臨牀醫生提出，長期體外射精，可能會引起性感受下降或其他性功能障礙。比如，女方在不知情的情況下，男方採取這種方法射精，或女方強迫男方實施體外射精，時間久了，會讓男性出現心理焦慮、不滿足和性滿意度下降等問題，進一步發展可導致對性的感受大幅降低，還可能出現其他如性高潮感受降低或缺乏，男性射精障礙，甚至不射精等。
此外，即使是在雙方都知情的情況下，也存在隱患。男方掌握不好射精的準確時間，兩人都擔心避孕失敗，會導致操作性焦慮，時間一長也可引起男性射精過快或不射精，進而影響女性的性感受。臨牀上還發現，部分患者因長期採取這一方法，當準備生育時卻不能在陰道內射精。這可能是因爲長期射精習慣和性刺激強度不一造成的，可通過矯正射精習慣，恢復在陰道內射精而改善。
