臨牀專家指出，一般的男性性交疼痛情況其引起的最常見原因可能是陰莖痛性勃起。陰莖痛性勃起是指在陰莖勃起時出現疼痛。多見於包皮繫帶過短和假性包皮過長時的包皮口過窄。包皮繫帶是指包皮與龜頭相連的皮膚，位於龜頭下方尿道口處。當陰莖勃起時，如果包皮繫帶過短就會牽拉龜頭導致陰莖彎曲，牽拉過度出現疼痛。在假性包皮時，如包皮口過窄。在陰莖勃起後，脹大的陰莖體或龜頭就會因包皮口過窄受到壓迫，出現疼痛。嚴重的會出現包皮水腫、甚至包皮缺血壞死，這在臨牀上稱之爲“包皮嵌頓”，是需要作緊急手術可鬆解、包皮環切的。
此外，在性生活時，如果男子在女子尚未完全性興奮，陰道仍然乾澀時陰莖強行插入陰道，就會造成陰莖和陰道的相互摩擦、損傷，也會導致雙方出現性交疼痛。
