新生兒發紺的主要原因有以下幾種：
1.新生兒鼻腔內有粘液或界癡引起阻塞，但一張口啼哭，發紺即消失。
2.先天性原因，如新生兒先天性鼻後孔閉鎖、巨舌症、先天性氣管狹窄等。由於呼吸道不暢，氧氣不能充分進入肺部，引起缺氧發組。
3. 早產兒的呼吸系統發育不成熟，或由於難產造成新生 兒顱內出血，都會出現呼吸暫停，引起發紺。
4.新生兒肺部病變引起發紺。如先天性肺發育不良、肺不張，奶、嘔吐物或羊水等吸入氣管、肺，引起吸入性肺炎，由於感染等原因引起的新生兒呼吸窘迫綜合症。
5.新生兒有先天性心臟病，如完全性大血管轉位，左心發育不良，法樂氏四聯症，肺動脈瓣和主動脈瓣狹窄，房室間隔缺損等。由於心臟畸形，一部分靜脈血進入動脈血，引起發紺。
